A partir de las nuevas políticas nacionales e institucionales, en el año 2000 la Facultad de Ciencias y Tecnologías creó el Centro de Investigaciones en Ciencia y Tecnología (CIENTEC) , cuyo objetivo era organizar la investigación asociada a la docencia e integrar a los programas de la Facultad, desarrollar los programas de investigación en los diferentes niveles; tecnológicos, social y empresarial así como, potenciar la dimensión de la Universidad abierta y a distancia con la posibilidad de multiplicar aportes investigativos en la solución de problemas nacionales.
Por otro lado, la Facultad de Educación, en el año 2001 da inicio al Sistema de Investigación Educativa y Pedagógica (SIEP). El SIEP nació para generar y apoyar procesos que estimularan el mejoramiento continuo y la calidad de la Educación a Distancia en la USTA, y para responder a los requerimientos del Consejo Nacional de Acreditación (CNA), en cuanto a la incorporación efectiva y real de la Investigación en los programas de formación de educadores y como eje articulador de los procesos sociales, culturales y pedagógicos.
Durante los siguientes años, tanto los objetivos, las estrategias como las líneas de investigación, se modificaron y actualizaron para el Centro y el Sistema de Investigación de la VUAD, de acuerdo al surgimiento de nuevos intereses de investigación en el campo educativo, científico, tecnológico y social, al igual que sus necesidades y propósitos. Dichos cambios fueron establecidos en el documento de Lineamientos para la Gestión de la Investigación – Plan de Desarrollo de la Vicerrectoría Universidad Abierta y a Distancia – VUAD 2008 – 2011, el cual fue aprobado en el Consejo Superior de la Universidad, como consta en el Acta N° 19 del 5 de Junio de 2009, al ser considerado en armonía con las políticas de la Universidad.A partir de ese momento, estos lineamientos se convirtieron en la base para la Gestión y Administración de la Investigación en la VUAD.
Enel año 2011, por factores de tipo administrativo, organizacional y de gestión, se hace evidente la necesidad de fusionar el Centro de Investigaciones en Ciencia y Tecnología (CIENTEC) y el Sistema de Investigación Educativa y Pedagógica (SIEP), en un solo Centro de Investigación para la VUAD, con el propósito de fomentar la articulación entre la formación en investigación que se lleva a cabo en los programas académicos de grado y posgrado ofrecidos en la modalidad a distancia, con la investigación en sentido estricto, que adelantan los grupos de investigación institucionales. La aprobación de ésta fusión se dio mediante el Acuerdo N° 18 del 16 de Mayo de 2011, en el Consejo Superior de la Universidad Santo Tomás.
Por lo anterior, la VUAD cuenta con una sola Unidad de Investigación, a través de la cual se direccionan y gestionan todos los procesos investigativos para la Facultad de Ciencias y Tecnologías, la Facultad de Educación, y para los 24 Centros de Atención Universitaria (CAU), con los que cuenta la VUAD, desde los cuales se apoya el desarrollo de investigaciones para la generación de nuevo conocimiento con impacto regional, nacional e internacional y la formación de nuevos investigadores a través de las dinámicas de los Grupos de Investigación y los Semilleros de Investigación.